Alors que la paix était durablement installée, un triumvirat Sith vint troubler la stabilité de la Galaxie en prenant subtilement le contrôle de Kuat. Alliés à des politiciens avides de pouvoir, les Sith et Kuat formèrent la Ligue, un regroupement de planètes ayant fait sécession et se dotant d'une armée et d'une flotte. Retranchés derrière leurs troupes, les Sith tentèrent de reverser l'Alliance Galactique et d'éliminer le Nouvel Ordre Jedi. Ils parvinrent à prendre Coruscant et à obliger l'Ordre à se relocaliser secrètement sur Tython. Le gouvernement de l'Alliance, quand à lui, s'était exilé et avait établi son nouveau QG au sein même de la flotte lui étant restée loyale. L'Alliance et les Jedi organisèrent par la suite des opérations en infiltration pour localiser et éliminer les soutiens des Sith sur les principales planètes de la Ligue. Après la chute de Brentaal, puis la reprise de Coruscant, deux Sith furent éliminés, laissant le dernier Sith, l'Architecte, seul aux commandes de la Ligue. La grande bataille de Brentaal, remportée par l'Alliance et les Jedi isola de nouveau un peu plus le dernier des Sith, jusqu'à ce que l'étau ne se resserre autour de lui et de sa forteresse de Kuat. Un dernier sursaut permit au Sith de capturer des membres importants du gouvernement, mais ils furent sauvés par les Jedi au cours l'ultime mission qui vit la chute du dernier des Sith et la fin de l'influence du Côté Obscur sur la Galaxie.